Aktualizacja KSeF – stan na luty 2026 r.

W związku z publikacją przez Ministerstwo Finansów zaktualizowanej wersji Podręcznika KSeF 2.0 (luty 2026 r.) przedstawiamy najważniejsze doprecyzowania, które mają znaczenie praktyczne dla podatników.

Zmiany te nie zmieniają konstrukcji systemu, lecz porządkują i doprecyzowują kwestie interpretacyjne.

1. Status podatnika a obowiązek wystawiania w KSeF

Ministerstwo Finansów doprecyzowało, że obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych w KSeF wynika ze statusu podatnika VAT oraz wykonywania czynności podlegających fakturowaniu, a nie wyłącznie z faktu aktywnej działalności w CEIDG.

Oznacza to, że:

• zawieszenie działalności nie wyłącza automatycznie obowiązku,
• decydujące znaczenie ma wykonywanie czynności opodatkowanych i obowiązek wystawienia faktury zgodnie z ustawą o VAT.

2. Rachunek a faktura ustrukturyzowana

Podręcznik MF jednoznacznie wskazuje, że podatnik (również korzystający ze zwolnienia z VAT), jeżeli ma obowiązek wystawić fakturę, nie może zastąpić jej „rachunkiem”.

W sytuacji objętej obowiązkiem fakturowania:

• dokumentem właściwym jest faktura ustrukturyzowana w KSeF,
• brak wykazania podatku VAT (zwolnienie) nie zmienia formy dokumentu.

3. Odliczenie VAT z faktur wystawionych poza KSeF (okres przejściowy 2026 r.)

Ministerstwo potwierdziło, że w okresie przejściowym mogą wystąpić sytuacje wystawienia faktury poza systemem.

Samo wystawienie faktury poza KSeF:

• nie pozbawia automatycznie prawa do odliczenia VAT,
• kluczowe są materialne przesłanki z ustawy o VAT (związek z działalnością opodatkowaną, brak wyłączeń).

Ocena prawa do odliczenia opiera się na przepisach ustawy, a nie wyłącznie na formie przekazania dokumentu.

4. Podwójnie wystawiona faktura w KSeF

Jeżeli do tej samej czynności wystawiono dwie faktury i obie zostały przyjęte przez KSeF, dokument istnieje w obrocie prawnym.

W takiej sytuacji:

• należy ustalić, która faktura dokumentuje rzeczywistą sprzedaż,
• do drugiej (błędnej) wystawić fakturę korygującą „do zera”.

Faktury przyjętej przez KSeF nie można „usunąć technicznie” – korekta musi zostać przeprowadzona zgodnie z ustawą o VAT.

Informacja dodatkowa
Powyższe doprecyzowania wynikają z aktualizacji Podręcznika KSeF 2.0 (część II) opublikowanej przez Ministerstwo Finansów w lutym 2026 r.